南京医科大学康达学院理学部成立于2014年6月，下设数学与计算机教研室、物理教研室、化学教研室和实验室，承担全院数学、物理、化学和计算机相关课程。

理学部于2016年开设医学信息工程（Medical Information Engineering）专业，2021年成立医学信息工程系，下设医学物理与电子技术教研室、生物统计与数学应用教研室、计算机信息技术教研室。

为进一步整合教学资源，经学院研究决定，2022年1月将理学部更名为医学信息工程学部，原理学部化学教研室和实验室划入药学部。

新成立的医学信息工程学部，在完成公共课程教学的基础上做好医学信息工程专业建设工作。该专业培养适应我国现代医学信息工程技术发展需要，具有生物医学、电子技术、计算机科学及信息科学方面的基本理论和基础知识，具备良好的学习能力、实践能力、专业能力和一定的创新创业能力，能在医院信息管理、医学信息系统及集成、数字医疗及相关IT企业从事研究、设计、应用、开发和管理的医工结合的复合型人才。